L'armada de la Compagnie des Indes orientales rassemble trois cents navires de la Marine Royale Anglaise. Il s'agit d'une armada agrandie avec l'aide du gouverneur Weatherby Swann afin de
Armada avant la bataille
mener la bataille contre le Tribunal de la Confrérie, selon les souhaits de Lord Cutler Beckett. Le vaisseau amiral de l'armada, qui est aussi le plus grand et le mieux armé, est le HMS Endeavour, à bord duquel Beckett coordonne la guerre.
Le Hollandais Volant[]
C'est le rôle du Hollandais Volant d'attaquer et de couler tous les navires pirates qu'il croise sans laisser de survivants. Le vaisseau n'est plus sous le commandement de son capitaine Davy Jones, mais sous celui de l'amiral James Norrington. Quand Norrington est tué par Bill Turner, Jones et son équipage tentent de reprendre le contrôle du navire. Une sorte de mutinerie éclate à bord, les hommes de l'équipage tuant les soldats de la Compagnie. Mais deux canons restent continuellements pointés sur le coffre contenant le coeur de Davy Jones, celui-ci ne peut donc rien faire, et c'est Ian Mercer, bras-droit de Beckett, qui prend la relève de Norrington. Jones reprendra tout de même le contrôle de son navire pendant la bataille du maelstrom de Calypso, puisqu'il tue Mercer, et Jack est parvenu, pour ses fins à lui, à reprendre le coffre.
La bataille du maelstrom de Calypso[]
Lorsqu'ils trouvent l'île des Naufragés, toute l'armada est présente. Trois cents navires font face à la dizaine de navires pirates. Pour s'assurer la victoire, Beckett envoi le Hollandais contre le Pearl, mais le vaisseau organique perd et tombe sous le contrôle des pirates. Beckett ignorant cela, il essaye de passer à l'offensive avec l'Endeavour, mais il se retrouve coincé entre les deux navires qui le détruisent et le coule. Sans leurs deux vaisseaux les plus puissants, l'armada abandonne et se retire.