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La guerre contre la piraterie est un conflit opposant les pirates à la compagnie des Indes orientales. Le gouverneur de
Le black Pearl le HMS Endeavour et le Hollandais Volant
la compagnie, Lord Cutler Beckett, souhaite débarrasser les Caraïbes des pirates, puis d’étendre cette campagne d’extermination dans le monde entier. Réellement, elle commence avant que Lord Beckett obtienne le cœur de Davy Jones, les prémices remontant à un passé de treize ans.
Après avoir pu « dompter » Davy Jones, Lord Beckett utilise le Hollandais Volant comme machine de destruction de vaisseaux pirates. La compagnie des Indes possède une immense armada de centaines de vaisseaux, qui affaiblissent l’ennemi et protège les navires marchands, rendant l’âge d’or de la piraterie grandement menacé, rendant l’extinction des pirates fortement possible.
Le seul moyen des pirates, le seul à être efficace et prometteur, est de réunir le Tribunal de la Confrérie, une opération qu’Hector Barbossa se charge de faire. Son but est de libérer la déesse Calypso pour qu’elle déchaine les mers contre l’ennemi. Mais pour ce faire, il leur faut, à lui et à un équipage composé de volontaires, ramener Jack Sparrow du Royaume des Morts, ce dernier étant un Frère pirate. Jack a en plus de cela des comptes personnels à régler avec Davy Jones et Cutler Beckett, c’est d’ailleurs l’une des premières motivations de ce dernier dans cette guerre.
La guerre débute techniquement quand Beckett arrive à Port Royal et s’arrange pour obtenir le cœur, bien qu’elle ne commence vraiment que quand il le possède réellement, et se termine le jour de la bataille du maelstrom de Calypso avec la mort de Davy Jones et de Lord Beckett et la fuite de l’armada.