L’orgue de Davy Jones est un instrument, de trois rangées de touches, surmontée du portrait de Calypso, qui se trouve dans la cabine du Hollandais Volant. Avec le temps, elle s’est mêlée à l’organisme marin qui a colonisé le vaisseau, ses gigantesques tuyaux montants jusqu’au plafond se confondent avec les microorganismes, et l’usage continuel du capitaine à recouvert les touches du clavier de sa substance visqueuse. Lorsque Davy Jones en joue (avec ses nombreux tentacules puisque sa condition ne le lui permet pas autrement), il ressort de ces tuyaux ce qui semble être une fumée épaisse, et le son de la musique se fait entendre sur tout le navire. Il y joue des mélodies graves et puissantes, inquiétantes même, où il y fait peser le poids de sa rage, de son désespoir, de ses souffrances, et de tous ces sentiments négatif qu’il ressent. Il semble que cette orgue soit le seul moyen qu’il est pour communiquer ses véritables pensées, incomprises des autres.